室町幕府
1420年8月，足利義滿下令嚴禁邊民騷擾明朝，得悉此消息的明朝建文帝朱允炆派使臣前往宣詔撫慰。在給足利義滿的詔書里，建文帝稱其為「日本國王」。足利義滿對「日本國王」這一稱號坦然接受，並沒有覺得不妥。事實上，這個足利尊氏的孫子早已是日本國家權力的最高代表了。在他執政時期，他將幕府遷到了京都的室町，足利幕府由此改稱為室町幕府。
公元1367年，足利幕府第二代將軍，38歲的足利義詮病逝，其子足利義滿在細川賴之的輔佐下，於次年坐上幕府將軍的寶座。公元1378年，20歲的足利義滿在京都的室町營建了富麗堂皇的府邸，並在庭院內廣植各種奇花異草，稱「花之御所」，並在此處執行政務，足利幕府的稱謂由此被室町幕府所取代。
足利義滿當政時期，將前兩代幕府將軍設置的「執事」改稱為「管領」，並賦予其極大的許可權。管領統轄政所、侍所等中央機構，而將軍對地方守護的命令，也必須通過管領傳達。在室町幕府前期，「管領」職位由足利氏門下的有力守護細川氏、斯波氏、田三氏三大家族輪流擔任，稱為「三管領」，直至室町幕府末期，「管領」職位才出現了私相授受的情況。
管領統轄下的侍所由赤松氏、一色氏、山名氏、京極氏四個家族的人出任，主要負責統領御家人、負責幕府警備任務，其權力僅次於管領，被稱為「四職」。
室町幕府還編製了直接聽命於將軍的直轄軍隊，稱為「奉公眾」。編製「奉公眾」，是足利義滿看到自己雖然身為將軍，卻沒有直接統領的軍隊，有鑒於此，他特意從地方守護的武士中剝離出一部分，改編為自己的武裝力量。人數約在3000人左右。
「奉公眾」平時負責護衛將軍的安全，同時也兼有負責管理「御料所」，即分佈於諸分國的將軍直轄領上的守護動向的職責。足利義滿希望強化幕府體制，統制和監督各地方的守護階層，並藉此削減其勢力。
除了政所、侍所、問住所等等這樣的中央機構外，室町幕府在地方上還設置了「關東御所」。「關東御所」又被稱為鎌倉公方或鎌倉殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孫世襲。除守護由幕府將軍直接任免外，其他事物均由關東御所的輔臣「關東管領」處理。隨著關東御所實力的不斷加強，它與室町幕府的關係也日漸對立，至幕府中後期，關東御所已經成了室町幕府最大的威脅之一。
除了關東御所，幕府還在各地設置了「守護」和「地頭」，其名稱雖與鎌倉幕府相同，但是性質卻各異。鎌倉幕府的守護與地頭都是將軍的御家人，兩者之間是主僕關係，而室町幕府的「守護」和「地頭」多數由將軍的直系族人和有力家臣擔任。為了保護這些守護、地頭的利益，室町幕府授予了其裁判訴訟、處理無主田地、徵收稅款的特權。這些守護、地頭利用特權在地方大肆侵吞莊園，將管轄地的武士變成自己的家臣，培植自己的私人武裝，逐漸發展為守護領國的守護大名。
這些守護大名在自己領國內肆意妄為，不奉幕府詔命，截留本應上繳給幕府的年貢，尤其是其日漸壯大起來的武裝力量，對幕府構成了最直接的威脅。1391年，足利氏的同族、最大的守護大名，領有11國守護的山名氏清反叛，舉兵向京都進攻。足利義滿隧起兵討平山名氏清，山名氏清戰死，山名家勢力急劇衰落，史稱「明德之亂」。
在削弱了山名氏清家族的勢力后，足利義滿將下一個目標鎖定在了大內義弘的身上。大內義弘擁有6國領地，是關西地區最有實力的守護大名。1399年，大內義弘宣布反叛幕府，足利義滿親任總大將，派遣細川氏、京極氏和赤松氏為前鋒，以總兵力3.6萬人攻打大內義弘。兩軍交戰，大內義弘戰死，幕府軍隊大獲全勝。此役發生於應永六年，故史稱「應永之亂」。
在削弱了各地守護大名的實力后，室町幕府加強了對財政方面的管理。除了分散各地的約200處的直轄領「御料所」為其主要經濟來源外，幕府還增加了向各地大名徵收年貢米和年貢錢的數量。幕府還在畿內的交通要道設「關所」，徵收「關錢」，在渡口收取「津料」，並且對京都內的當鋪業和釀酒業課徵稅收。
除此之外，與明朝進行的「勘合貿易」，也是室町幕府重要的財政收入來源。所謂「勘合貿易」，是明朝對外國來華進行朝貢貿易的一種稱呼，也稱「貢舶貿易」。「勘合貿易」必須在特定時間、特定地點進行。由於這期間倭寇猖獗，為了對倭寇和幕府官方船隻加以區別，明朝發給室町幕府勘合符以示區分。幕府的貿易船隻到港后，需出示勘合符，經明朝官員查驗無誤后，方能進行交易。
隨著對外貿易的發展，一些港口城市日益顯現出繁榮的景象，手工業和紡織業快速發展，不同產品之間的交換也日趨頻繁，城市的商業形式也變得日趨多樣。每月三次的定期市場「三齋市」從室町中期開始，改為每月六次的「六齋市」。隨著市場的繁榮和貨品種類的增加，還出現了類似於今天行業協會的組織——座。越是經濟發達的地方，「座」越多。由於「座」的普及與發達，行業種類也隨之增多，分工越來越細，促進了商品質量的提高。
隨著商業活動的蓬勃發展，貨物運輸業也興盛起來。在一些工商業發達地區，出現了「馬借」、「車借」等運輸組織。海上運輸出現了駁船，容積達千石的也為數不少。