建武中興與南北朝紛亂
俗話說，堡壘最容易從內部被攻破。這句話應用在鎌倉幕府的衰亡上是再合適不過。1333年，鎌倉幕府的御家人足利尊氏在各地反幕府的動亂中迅速崛起，很快成為討幕中堅，最終與各地豪強一起迫使北條氏一族全部自殺，鎌倉幕府就此完結。當然，這時候意得志滿的足利尊氏不會想到，近250年以後，自己的子孫也會被武將逼死，成為歷史的煙雲。
1331年6月，在足利尊氏與地方豪族推翻鎌倉幕府的統治后，因多次謀划倒幕行動而被北條氏流放到隱歧島的后醍醐天皇返回京都，廢除了由鎌倉幕府扶持的光嚴天皇，再次登基，重新掌控了朝政。1334年，后醍醐天皇改年號為「建武」，並實施了一系列的新政，史稱「建武中興」。
后醍醐天皇實施的新政，最重要的部分就是撤銷威脅天皇權力的關白、攝政等職務，一切大權由天皇本人總攬，對皇室和大貴族的利益極力保護，卻對在推翻鎌倉幕府中立下戰功的武士的利益不聞不問，這種做法引起了各地武士的極度不滿。而與此同時，恢復天皇之位沒多久的后醍醐天皇為了滿足一己私慾，無視長年戰亂給百姓帶來的苦難，肆意增加稅收，徵發勞役，在京都大興土木，出現了「兵革之後，世局未穩，國費民苦」的亂象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了農民的不滿，由此，后醍醐天皇逐漸失去了武士和農民對他的支持。
此時的足利尊氏雖然獲得了天皇的賜名，但是並沒有獲得他夢寐以求的「征夷大將軍」的名號，反倒受到后醍醐天皇的種種限制，這讓足利尊氏非常失望。
1335年7月，即建武二年，北條氏旁支北條時行在信濃舉兵，並很快攻陷鎌倉，史稱「中先代之亂」。8月初，足利尊氏未等天皇下詔，率領500名騎兵，離開京都，與其弟足利直義會合，大破北條時行，奪回了鎌倉。佔據鎌倉后，足利尊氏並沒有返回京都，而是自稱征夷大將軍，向後醍醐天皇豎起了反旗，這讓后醍醐天皇十分惱火。11月19日，天皇任命尊良親王、新田義貞為正副征討將軍，討伐足利尊氏。足利尊氏與其弟率軍大敗天皇的軍隊，其間，天皇方面也曾多次擊敗足利尊氏。1336年5月，足利尊氏進入京都，擁立光嚴天皇的同母胞弟豐仁親王即位，是為光明天皇。「建武中興」由此宣告結束。
以勝利者姿態進入京都的足利尊氏很快軟禁了后醍醐天皇，同年11月，后醍醐天皇被迫將象徵天皇權威的三神器交給光明天皇，自己則被尊為上皇。但是后醍醐天皇並不甘心被人擺布，12月21日晚，他裝扮成女性貴族，乘車逃離京都，在吉野建立了新的政權，並宣布交給光明天皇的三神器為偽造品。自此形成了與京都皇室對立的局面，日本歷史上的南北朝由此形成。
北朝的實際控制者足利尊氏在被光明天皇正式任命為「征夷大將軍」后重啟武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，為了整頓武家制度，改革朝政，足利尊氏頒布了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出「居安思危」的觀點，認為首要之責是「早休萬人愁」，「政在安民」。在這一思想的指導下，《建武式目》提出要禁止奢侈，力行節儉，不得受賄行賄；選用賢能之人擔任地方官，並要求豪強不得兼并私宅，以減少破產流浪者；委任效忠足利氏的有功、有才幹的將領為各地守護。
1339年8月16日，53歲的后醍醐天皇因病去世。相傳他臨死前，一手握著《法華經》，一手撫劍，還立下遺詔：「縱領玉骨已埋南山，魂魄亦當常望北闕。」因此，后醍醐天皇的陵墓也與一般的朝南座北的傳統葬式不一樣，而是朝北坐南埋葬。后醍醐天皇死後沒多久，追隨他的幾個南朝著名武將也相繼戰死，南朝似乎「氣數已盡」，但是由於足利尊氏與其弟足利直義的內杠，南朝又殘喘了50多年。
足利尊氏在起兵討伐鎌倉幕府之初，足利直義就一直輔佐足利尊氏，足利尊氏也視足利直義為左膀右臂，對他極為器重。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高師直擔任重要職位，深得尊氏信任，備受恩寵，然後職權越高，驕奢越重，手下部將很是不滿，足利直義對此也深為憤恨，決心除掉高師直。
1349年，足利直義與高師直的鬥爭發展到了白熱化階段，高師直要求足利尊氏革除足利直義的一切職務。足利尊氏答應了高師直的要求，撤掉了其弟全部職務。此後，高師直更為驕恣，而足利尊氏與足利直義之間的關係也因此日趨緊張。
1350年，足利尊氏與足利直義兵戎相見，足利直義投奔南朝，並於次年大敗足利尊氏統領的北朝軍隊。尊氏派人求和，足利直義殺死高師直，隨後足利尊氏與足利直義攜手言和。第二年，足利尊氏與其子一同歸順了南朝。但是兄弟倆的和睦局面並沒有維繫多久，不久，足利尊氏又與足利直義產生了衝突，1352年2月，足利尊氏毒死了自己的弟弟。足利直義雖死，但他養子足利直冬率領著斯波高經、桃井直常、石堂義房、山名時氏等舊足利直義派依然與足利尊氏作戰，先後數次佔領過京都。
1358年4月30日，足利尊氏病故，時年54歲，埋在京都的衣笠山下的等侍寺內。足利尊氏死後，其子足利義詮繼任將軍，在執事斯波義將的輔佐下，足利義詮穩固了幕府統治，並逐步壓制住了南朝勢力。
1368年，年僅10歲的足利義滿繼任第三代幕府將軍，由管領細川賴之任輔佐。足利義滿成年親政后，顯示出卓越的統治與領導能力，先後平定了土岐賴康、山名氏清等地方守護的叛亂，幕府統治得以進一步鞏固。同時，經過幾次大的征伐，南朝的勢力徹底衰退。1392年，足利義滿對南朝提出統一的呼籲，並順利實現南北朝合體，成功地結束長達60年的分割狀態。由此，足利義滿在全國範圍確立起幕府將軍的絕對統治權，成為室町幕府最盛期的締造者。