176，桓玄之亂
公元399年——403年p;晉安帝即位。孫恩海上起兵，劉牢之破之。桓玄入主建康，掌控朝政。
孫恩聚眾造反。朝廷肯定要派兵鎮壓。桓玄自告奮勇率軍助戰。朝廷婉言謝絕，不敢讓桓玄的軍隊再靠近建康。朝廷調劉牢之和謝琰[yǎn]的軍隊去鎮壓孫恩。
劉牢之原本是謝玄的部下，謝玄死後歸入王恭麾下。王恭死後，劉牢之接替了王恭的位子，負責江北七州的防務。
謝琰是謝安的兒子，曾參加過淝水之戰，現任徐州刺史。
劉牢之和謝琰聯手去戰孫恩。孫恩人數雖多，但是烏合之眾，戰鬥力不強，一打就敗，一敗就跑。孫恩是海盜，老窩在舟山群島。舟山群島有不計其數的小島。孫恩躲進舟山群島，想找到他無異於大海撈針。
另外晉軍水軍的艦船也不適合海上作戰。海盜船是帶密閉艙的，在海上航行不怕觸礁漏水，打起仗來也不容易被對方的拋石機砸漏。孫恩的艦船有八個密閉艙。晉軍的艦船在內河航行，隻擔心擱淺，不擔心觸礁，沒有密閉艙設計。並且，晉軍的艦船個頭小。孫恩的艦船是四層樓船的巨艦，可以輕鬆碾壓晉軍。
所以，晉軍隻在陸上跟孫恩打，攆下海就算完成任務了。
朝廷任命謝琰為會稽太守，負責沿海地區防務，阻止孫恩上岸。
孫恩之亂告一段落。軍閥之亂進入GC。桓玄以一敵二竟然不落下風，將殷仲堪、楊佺期先後擊敗殺掉，吞並了他們的軍隊和地盤。東晉三分之二的領土都在桓玄的控製之下。
在東晉內亂期間，後秦姚興趁機攻占了洛陽。北魏拓跋珪南下占領了許州。南燕慕容德攻占了青州，在青州稱帝。東晉北部地區的領土急劇萎縮。
麵對內憂外患，東晉朝廷無能為力。他們現在守江東都費勁，哪還顧得上江北和江西。
西邊的軍閥混戰剛告一段落，東邊的海盜孫恩又卷土重來。
謝琰“不能綏懷，又不為武備”。對部下不關心，對戰備也不上心，這樣的統帥如何能夠打勝仗？
孫恩殺過來的時候，謝琰正準備吃飯。他說等我滅掉這幫賊寇再吃，說完就騎上馬出去了。他根本沒把這幫賊寇放在眼裏，以為手到擒來的事。結果部下不肯為他賣命，一戰即敗。謝琰被部下在背後下黑手給殺了。
孫恩再次肆虐沿海地區。“孫恩寇臨海，人眾餓死，散亡殆盡”。沿海地區幾乎變成無人區。
朝廷請劉牢之再次出手去對付孫恩。劉牢之很能打，一出手就把孫恩打回大海。但是孫恩這人很難纏。你從這邊擊退他，他從那邊又上岸了。劉牢之就像在玩棒打老鼠遊戲，摁下葫蘆飄起瓢。
公元401年，孫恩率軍十幾萬，乘坐上千艘高大的樓船，進犯山陰（浙江紹興）。劉牢之率軍將其擊退。
孫恩不死心，退回海上後乘船北上，沿途襲擾大陸沿海地區，一直打到長江口。那時上海還是小漁村，被稱為“扈瀆”。扈是一種打漁工具，類似竹柵。瀆是指江河入海口地區。孫恩逆江而上殺入內陸地區。
劉牢之急派部將劉裕率軍北上攔截。孫恩率數萬人進攻丹徒（江蘇鎮江丹徒區），眼看就要攻陷城池。城內百姓已經拿起扁擔準備做最後一搏。關鍵時刻，劉裕率軍趕到。劉裕部隊不顧行軍疲勞，立即投入戰鬥，經過一番激戰打跑了孫恩。
孫恩不甘心失敗，退回船上繼續西進，長途奔襲建康。
京城為之震動。百姓驚恐不安。司馬道子無計可施，“唯日禱蔣侯廟為厭勝之術”。他天天去當地據說非常靈驗的土地廟祈禱，對孫恩行詛咒之術。
劉牢之親自率軍日夜兼程增援建康。所幸孫恩戰艦巨大又是頂風逆行，行駛非常緩慢。等他殺到建康附近，劉牢之已經回防到位。孫恩見無機可乘，隻得怏怏離去。
劉牢之不肯放過孫恩，沿途追殺，利用火攻襲擊孫恩的艦隊。孫恩上岸劫掠更是遭到晉軍的迎頭痛擊。劉裕在扈瀆截住孫恩，跟孫恩展開大戰，三戰三捷。孫恩損失慘重，從此勢衰。
司馬元顯發現晉軍的水上優勢喪失，大力發展水軍。他加強水軍的目的，一是對付孫恩，二是對付桓玄。
孫恩已經不足為患，司馬元顯決定討伐桓玄。桓玄對朝廷的威脅比孫恩還大，已經出現割據自立的跡象。司馬元顯決定先發製人進攻桓玄。
402年，司馬元顯昭告天下曆數桓玄的罪行，率軍討伐桓玄。
司馬元顯自封征討大都督，任命劉牢之為前鋒都督，率領經過升級擴建的艦隊西征。
桓玄也不示弱，提兵迎戰。他傳檄天下曆數司馬元顯的罪狀，率領艦隊東征。
晉軍集結已畢。司馬元顯登上戰船心裏又沒底了，遲遲不肯下令開拔。大軍就在江邊耗著。劉牢之一看他不走，自己也按兵不動。
桓玄順江東行走了一半的路了都沒見到司馬元顯的軍隊，心中大喜，知道司馬元顯怕了自己，揮軍直殺建康。
司馬元顯聽說桓玄殺來，棄船上岸，退守建康。
劉牢之對司馬元顯專權素有不滿，不願再替司馬元顯賣命，暗中投靠了桓玄。
桓玄大軍兵臨城下。司馬元顯列陣迎戰卻不敢臨陣指揮，躲在家裏。主帥慫成這樣，手下將士更心虛了。桓玄的軍隊在城下列陣，大喝一聲“放仗”（放下武器）！司馬元顯的兵“嘩”一下都跑了。
桓玄兵不血刃進了建康。
他控製了朝廷，以晉安帝的名義將司馬元顯一家處斬、司馬道子流放。朝中文武對司馬元顯素無好感，默然接受桓玄取代司馬氏的現實。
桓玄任命劉牢之為會稽內史，讓他交出兵權。劉牢之大怒，召集手下將領準備跟桓玄開戰。他的參軍劉襲對他說，你當初背叛王恭投降司馬元顯，剛不久又背叛司馬元顯投降桓玄，現在又要背叛桓玄。“一人三叛，何以自立”！劉襲說完扭身走了。他的部將也隨之散去。劉牢之羞愧難當，上吊自殺。他的軍隊和地盤全部被桓玄接管。
孫恩趁東晉內亂又上岸襲擾。但他的軍隊這時已經很少了，東晉地方部隊就把他打敗。孫恩不想被官軍抓俘虜，跳海自盡。他的追隨者幾百人也跟著跳了下去。
孫恩死後，殘餘部眾推舉孫恩的妹夫盧循為首領。
桓玄剛剛入主建康，不願多事，試圖詔安海盜武裝，任命盧循為永嘉太守。這給了海盜喘息的機會和東山再起的機會。“循雖受命，而寇暴不已”。盧循雖然接受了任命成為ZF官員，但依然改不了海盜的殘暴習性。
兵禍之後隨之而來的是DJH。“三吳大饑，戶口減半，會稽減什三、四，臨海、永嘉殆盡”。吳國舊地人口減少一半。會稽郡人口減少十之三四。臨海（浙江台州章安鎮）、永嘉（浙江溫州）的百姓幾乎都死光了。
桓玄入主建康後清洗朝堂，把司馬道子、司馬元顯一派都攆走。那些人多是阿諛奉承的小人。朝野對此表示歡迎，以為國家有了複興的希望。沒想到桓玄哪裏是為了國家，不過是為了自己更好地掌控朝廷罷了。他上來跟司馬氏一個德行。
桓玄清洗完司馬一黨開始清洗劉牢之的部下，殺了包括劉襲在內的劉牢之舊將。當初如果不是劉襲反對劉牢之起兵反對桓玄，桓玄能不能在建康待得住都是一碼事。等他在建康站穩腳跟便開始兔死狗烹。
桓玄以自己喜惡清洗朝廷。很多文武官員擔心不測，流亡南燕或後秦、北魏。劉襲的哥哥劉軌起兵為劉襲報仇，被桓玄擊退後北逃南燕。劉牢之的部分舊將也隨之逃離東晉。
桓玄沒有殺劉裕。劉裕是一位驍勇善戰的大將。桓玄缺少這樣的人才，對劉裕加以籠絡、重用。
他派劉裕去打盧循。盧循接受招安卻仍然為非作歹，行劫施暴，竟然公然派兵襲擊東陽（浙江金華）。桓玄決定徹底剿滅這幫海盜。
劉裕果然善戰，連戰連勝，把盧循打得狼狽逃竄。
盧循不敢再待在江浙，渡海向南逃走。後來盧循夜襲番禺（廣東廣州），占領了廣州。東晉因為桓玄之亂無暇顧及南疆。盧循在廣州盤踞多年。
桓玄清洗異己之後相信朝廷已在完全掌控在自己手中，開始謀求篡位。