序章
馬里亞納群島戰役前夕
北太平洋地區
北緯三七，西經一七三
「海底兩萬里」核動力潛艇
山姆看了一下手錶上的時間，他們從奧克港出發來到太平洋已經有半個多月。美國海軍剛剛在夏威夷群島附近解決一支小規模的深海艦隊
由於人類圍繞墜落在海洋上的空天戰機與外星人展開了爭奪戰，整個海洋都不得安寧。本漢森艦長被迫選擇阿留申群島與夏威夷群島之間的一片海域，他們將會路過中途島
「全體注意，我是艦長本漢森。我們現在處於深海艦隊遊盪的高危海域，我需要你們每一個人都打起精神來。只有到達日本群島附近我們才能得到放鬆。」
「呼叫聲納部，報告你們的情況。」
「我們沒有發現任何異常，這裡附近一片平靜。」
「很好，如果順利的話。我們將在一個月以內到達
這艘核動力潛艇名字「海底兩萬里」起源於法國作家儒勒·凡爾納的一部著名的小說，但船員們更喜歡叫她海底八萬里。如果這艘潛艇再繼續執行戰略運輸任務的話，可能還要改名為海底九萬里。
本漢森艦長也被船員們起了一個稱呼，叫做尼摩先生。
海底兩萬里小說中的尼摩船長是一個非常厲害的人。按照故事的劇本。尼摩船長帶著阿龍納斯一行人太平洋出發，經過珊瑚島、印度洋、紅海、地中海、大西洋，最後在北冰洋不辭而別。
也許在阿龍納斯一行人登上鸚鵡螺號之前摩尼船長就已經去過世界許多地方。但那終究只是小說中的虛構人物而已，歷史上乘坐潛艇遊歷世界的人可能一個都沒有。某些國家在海岸線附近設置的反潛網並不是擺設，可能連美國西海岸還沒靠近就被國民警備隊逮住。
不過這個世界線有一個比尼摩船長更牛逼的存在，他就是本漢森艦長。
本漢森在大部分船員還沒有出生的時候就已經開始乘坐潛艇出海執行運輸任務，他在第一次指揮的「大尾巴魚」常規動力潛艇遠航中就有著許多驚險的遭遇。
那時候人類失去世界百分之八十的海洋，穿越深海艦隊控制的海域困難重重。但是本漢森艦長卻成功地帶著幾乎報廢的「大尾巴魚」逃過深海艦隊的追殺，成功地達到澳大利亞。
這幾十年的艦長生涯中，本漢森把許多戰略物資和科研人員運送到世界各地。也有一些士兵通過他的潛艇回到自己的祖國，後來他們當中許多人都成為了將軍。
可以說本漢森對人類所做出的貢獻是不能用擊沉噸位來衡量的，他一次又一次地運輸，航程可能比小說中的摩尼船長還要高出好幾倍。艦長本人也記不清執行過多少次任務，經歷的總航程有多少海里。但船員們一致認為這個數字絕不止兩萬。
「我想我們應該再繼續兩小時的就可以換崗了。」
搭檔舒服地伸了個懶腰，接著對山姆說道：「我覺得只要不去主動招惹那些深海戰艦的麻煩，估計它們懶得跑到水底下抓我們。」
「那可不一定，你要知道深海戰艦與我們作戰的同時也在進化。」山姆搖頭說道，「我聽船長說它們最早是沒有多少攻擊潛艇手段，只是簡單地把電漿炸彈往海里扔。後來出現了一種新型的輔助艦艇，它拖曳的光束就像我們的聲納一樣能夠鎖定潛艇。」
「所以說我要你們打起精神來，指不定我們哪一天遇到深海新的玩具就全部掛了。」
說出這句話的正是本漢森艦長，他剛剛來到山姆所在的駕駛艙。
「我很抱歉，摩尼先生。這裡沒有什麼狀況可以向你報道。」
搭檔依舊平穩地握住方向舵，頭也不回地說道：「我們應該快到中途島了，等會你最好看下航海圖告訴我們往哪裡開。」
「好懷念我父親時代的GPS導航系統，這樣我們不用找顯眼的島嶼，看該死的太陽和星星來確定方位。」山姆順便抱怨了一句，「在這裡值班我總是擔心我們走偏航線，不小心跑到某個鳥不拉屎的地方。」
「.……」
本漢森艦長沒有說話，走到山姆和他的搭檔身後，不知道在想著什麼。
「聽我命令，改變方向先從南邊走。」
山姆被艦長突如其來的命令弄得摸不著頭腦，不過搭檔卻老老實實地把方向舵緩緩往左移。
本漢森隨手拿過一個耳機戴在頭頂，繼續命令道：「打開主動聲納，我需要知道這片海域的動靜。」
「艦長，如果貿然打開主動聲納的話，潛艇很可能會被深海戰艦發現。」通訊頻道里有人發出質疑的聲音，「只要這裡附近有任何一艘深海戰艦，我們就會處於非常危險的局面。」
「我知道，繼續執行命令，先開啟主動聲納試探一次。」
「明白，我們正在探測中。」
過了一會兒，聲納員立即回答道：「我們發現南邊有大量噪音，它們航向255，速度為二十節，正在確認聲紋中……」
「確認完畢，它們不是深海戰艦，是我們的一支貨輪船隊。」
本漢森艦長鬆了一口氣，剛才他一直有種不詳的預感。多次執行任務培養成的危險直覺告訴他這海域附近很可能隱藏著深海戰艦，不過現在看來應該是自己多慮了。
「準備排水上浮，讓我們跟朋友們打個招呼.……」
不等艦長說完，聲納員突然著急地說道：「發現不明戰艦正在靠近中，航速三十四節，它的目標就是我們的運輸船隊！」
「我現在就需要知道它是什麼艦種！」
聲納員沉默了一會，繼續說道：「是一艘深海旗艦，如果資料庫沒顯示錯的話，它應該是黑鯊暴君級深海母艦。」
「……」
「我聽到大量的爆炸聲，它正在攻擊我們的船隊。」
整個通訊頻道陷入一片沉默。
「聲源消失，它應該離開了我們的主動聲納探測範圍。」
「返回原來的航線，我們不能幫助他們。」本漢森艦長說道，「發出國際救援信號，會有人來救他們的。」