來了！猴式智減法
因購買比例不足V章的50%, 因此顯示防盜章，72小時后恢復 「逃掉了嗎，Margaux（瑪爾戈）那傢伙……」
「是的, 大哥。手銬沒有絲毫被打開過的跡象，但就是這麼逃脫了，和當初的雪莉一模一樣。」
「是嗎……雪莉啊……」
「那，大哥，接下來要怎麼辦？」
一身黑西裝、頭戴小黑帽、鼻樑上架著副黑色墨鏡的矮胖男人問向前面站著的長發男人。
「把她的名字加到組織的追殺名單上吧。」
……
瑪爾戈覺得, 自己人生的前二十二年簡直完美得不得了, 就是一路開掛走上人生巔峰的典範。
從小成績全優，運動全能, 十六歲的時候就跳級念完了高中，然後進入了被稱為「義大利將軍搖籃」的里窩那海軍軍官學校。四年軍校生活結束后, 順利被授予少尉軍銜然後進入了大名鼎鼎的comsubin——義大利海軍特種潛水奇襲部隊，出色的表現讓她很快便成為了這支特種部隊的王牌作戰員。
然而兩年前，因為一些原因……她被扒掉了軍銜並且開除出了部隊。
就在她人生突如其來地陷入低谷的時候, 義大利軍事安全情報局（SIS.MI）卻是把她招了去……當時雖然心情很低落但她覺得, 嗯, 好像還不是很糟糕，好歹沒失業，在義大利如今這種失業率居高不下的情況下也算是幸福了。
但是後來，她發現……麻蛋, 還不如讓她加入失業大軍行列一個個人才招聘市場來回跑呢！SIS.MI給她開再高的工資都沒得商量！
按照SIS.MI的安排, 她潛入了一個老巢貌似在日本的神秘組織進行卧底調查。
該組織——
名稱：未知
首領：未知
核心基地位置：未知
成員數量：未知……
就這麼讓她進入了一個情報少得可憐的「N不知」組織！自家領導完全一副揮著小手絹「啊, 同志，大膽地探索去吧！一切就都交給你了」的欠揍樣……超級火大啊……
不過，也許是她那前二十二年開掛人生的外掛還有餘額的緣故，在組織里混了沒多久后便成為了組織核心幹部琴酒的直屬下屬，原因是——那段時間組織內部在大規模清除卧底叛徒，以至於眾多人員紛紛落馬，琴酒老大麾下的尤其多，一時間造成了人手緊缺的現象，她就趁著這個機遇成功上位了。
……話說，琴酒大哥你也是牛，天天浸泡在一幫子的各國間諜卧底組成的大家庭里還能以一己之力扛起這個組織，雖然作為敵人但她都止不住要為其鼓掌了。
然而，她無論表現多麼出色，都始終沒能上位成琴酒的第一助手，因為那個位置一直都被一個人把控著——伏特加。
她就不明白了，老伏這麼一個成事不足敗事有餘的戰五渣有什麼好的，非要選這號人物天天帶在身邊。不過後來她也理解了，因為……哪個國家的腦殘情報組織會派這種傢伙來當卧底啊，至少安全係數絕對有保障。
不過，要是哪天老伏把他那與自己身材比例嚴重不相配的小黑帽一摘，來了句「大哥，其實我也是卧底」的話……噫，扎心了。
至於她跟著琴酒的那段時間，主要執行的任務嘛，就是殺卧底、殺卧底、殺卧底、以及……殺叛徒。
雖說她自己也是瓶假酒吧，但如果可以的話她真的很想問琴酒一句——你，心裡，苦嗎？
當然，這句話她大概是永遠也沒有機會問出口了，因為……不久前，因為某些原因，她這瓶假酒也被發現了。
被審問了半天沒有吐出什麼有用信息后，琴酒也失去了耐心，直接餵給了她一顆毒藥，就是之前叛逃組織的雪莉發明的那種殺人於無形的藥物——APTX4869。
原以為經歷了二十二的掛逼人生和兩年的苦逼人生后，她就要這麼交待在這裡了，沒想到上帝雖然把門和窗都給她關上了……卻給她鑿了個狗洞。
……
東京，米花町二丁目，阿笠博士家中——
咳咳，BGM響起！
我是高中生偵探工藤新一，當我跟青梅竹馬的同學毛利蘭一起到遊樂園遊玩時，卻目擊了黑暗組織的交易現場。當時我只顧著偷看交易，卻忽略了從背後而來的另一個同夥。我被那個人強灌了毒藥，等我醒來時……
我的身體已經縮小了！要是讓他們知道工藤新一還活著，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份。當小蘭問及我的名字時，情急之下，我化名為江戶川柯南。為了搜集那些傢伙的情報，於是便住進了父親以偵探為業的小蘭中。
但是這位叔叔卻是個糊塗大偵探，看不下去的我於是便裝成叔叔，利用我天生的推理能力解決了許多的懸疑案件。而叔叔也拜我所賜成了名號越來越響的大偵探。而我現在卻變回了一個小學生，還被迫跟同班同學的步美、元太與光彥組成少年偵探團。
半個月前的一個雨夜，阿笠博士家門口突然出現了一個穿著過大不合身衣服昏迷著的國中生少女，就像當初的灰原一樣。
當少女醒來後進行詢問，並聯繫在組織潛伏著的水無憐奈進行確認后才得知，這個少女也是APTX4869的受害者。她是義大利軍事安全情報局（SIS.MI）派到黑衣組織的卧底，在組織中代號為「瑪爾戈（Margaux）」。因為一些原因被組織發現了真實身份，因此被喂下了毒藥APTX4869以除掉。沒想到，沒有死亡反而身體縮小回十年前的樣子這種極小概率的事情在她身上也發生了。
而她之所以會找到阿笠博士這裡，就要牽扯到不久前在水族館發生的庫拉索事件了。
在那件事情之前的一天，瑪爾戈曾與庫拉索剛剛搭檔完成一項任務，而庫拉索在竊取間諜資料的當晚給朗姆發送簡訊時，選擇接收人的時候不小心一併點上了朗姆下面的那個名字，最近與她聯繫頻繁的瑪爾戈，因此瑪爾戈也收到了那條沒有全部編輯完的簡訊。
第二天，當我們都圍繞著庫拉索對這件事情進行探查的時候，瑪爾戈卻是根據線索尋找庫拉索的手機，最終找到了博士家中，並在暗中發現了博士修好手機后將那條簡訊編輯為「之前注意到的波本和基爾沒有問題」，由此得知了波本和基爾也同為別的機構潛進組織的卧底。並且，隨後她發現了與組織叛逃成員雪莉極為相似的灰原哀，因此心生疑惑。不過這一切，她都並沒有上報給組織。
直到被喂下APTX4869發現身體縮小后，聯想到之前見到的灰原，瑪爾戈便明白了是怎麼一回事，隨即決定和當初的灰原一樣來到阿笠博士這裡尋求幫助。
身體雖變小，但頭腦一樣靈活，無所不知的名偵探，真相永遠只有一個，這就是名偵——
咳咳，BGM，停！
擺放著早餐的餐桌上，上學前特意拐來阿笠博士家一趟的柯南看著對面坐著的國中生模樣的混血少女。
說真的，他現在並不能輕易判斷這個人究竟是敵是友，但有一點他是可以肯定的……
「嗯？早餐沒有義大利面嗎？」少女耷拉著一雙死魚眼，對著餐盤失望地嘆了口氣。
他可以肯定的是……她是個笨蛋。
「哪有日本人早餐會吃義大利面啊！」
……
恍恍惚惚地走出班主任辦公室，清美一想到剛剛班主任那「我看好你哦！」的眼神就覺得頭大……簡而言之就是，從小跳級太厲害，沒按照正常步驟按部就班地念過書怪她咯！
一臉鬱悶地走到樓梯拐角處，正準備轉進教室所在的那條走廊時……
「那個，淺川，我們……可以談一下嗎？」
聲音怯怯的，帶著幾分試探。
清美抬起頭，看向明顯是事先在這裡堵她的沢田綱吉。
「有什麼事嗎？」
對於這個目前在她心裡好感度為負值的少年，清美並不想再同他有過多的交集，但出於大人不跟小屁孩兒計較的原則，還是耐下性子打算聽聽對方特意找她是想說什麼。
「淺川，你……誤會了，那天下午放學你看到的那個扎著兩條辮子的女孩兒，我跟她不是那種關係。怎麼說呢，大概就是，我一直把她當做我的妹妹看待……」
清美挑了挑眉，反倒問了個聽起來有點跑題的問題：「她多大了，那個女孩兒？」