第三章 積分系統
小剛來到了尼比道館找到了阿龍（道館裁判，阿龍是一個二十多歲的中年人，是小精靈聯盟派遣來尼比道館當裁判的）。阿龍給了小剛一包東西，小剛打開來了，裡面有一個圖鑑，五個空寶貝球、一個裡面裝著小拳石的寶貝球和一張聯盟卡。小剛心想：「不知道卡里有多少錢。只知道道館訓練家每個月有錢拿。這就足夠了。」小剛拿著這包東西就回家了。
小剛來到了道館一邊訓練小精靈，一邊看有沒有人有要打道館賽。到了晚上回家照顧弟弟妹妹。不覺過去了兩年的了，這兩年來挑戰道館新手訓練家也不知道有多少人。每次對戰完之後。訓練家贏了就給徽章，輸了就教他們如何訓練小精靈。等變強了再來挑戰道館。然而小剛這麼做。尼比道館和小剛就這樣在關都地區出名了。關東地區的訓練家都知道尼比市的尼比道館，館長小剛會教別人怎麼訓練神奇寶貝變強。
這一天小剛跟往常一樣來到了道館。突然一個聲音傳了過來。「有人嗎？我要挑戰道館。」一個帶著帽子穿著藍色短袖，還有肩膀上站著一隻皮卡丘的男孩說道。跟他一起來的還有一穿著牛仔短褲，有著橘色馬尾辮，穿著黃色短袖和短褲的女孩。小剛看到他們的打扮就知道他們就是前世動漫里主角小智和第一部的女主角小霞。小剛看到小智和小霞就想起動漫里小剛是個花痴漢。但他有一個夢想是第一小精靈飼育家。心想「我穿成了你，我一定會幫你實現願望的」
小剛看了看他們走過去問道「你們誰要挑戰道館」男孩說道「我是真新鎮的小智，我旁邊的女孩叫小霞，是我要挑戰尼比道館。」小剛聽完小智的話回答說到「我是這尼比道館館主小剛，尼比道館的規則是2對2，可以吧！」小智心急的說道「可以，開始吧！」阿龍站在對戰場地中間那個位置說道「現在由小智先生挑戰小剛先生做道館2對2比賽，訓練家可以替換小精靈、道館館長而不能替換小精靈，現在比賽開始。」阿龍說完就跑在邊上去了。
小剛拿出寶貝球丟了過去然後說道「出來吧！小拳石」小智拿出圖鑑查看了小拳石的知識。然後也從腰上皮帶拿出寶貝球說道「比比鳥，出來吧！」一個像小鳥的小精靈出來了。
「比比鳥，使用烈暴風，」小智剛說完。比比鳥就「比～」的叫一聲的扇動翅膀，一陣烈暴風吹向小拳石。「小拳石，用挖地洞」小剛看到比比鳥使用了烈暴風，不慌不忙的說到。小拳石聽完小剛的話就在地面上挖了一下地洞。躲了過去。
小智看見小拳石躲過去了就又說了一句「比比鳥，使用翅膀攻擊。」「小拳石，接下來。」小剛說道，小拳石兩隻石頭手抓住了比比鳥的翅膀。「然後再扔出去，使用滾動」小拳石把手抱在一起向比比鳥滾動過去，比比鳥受到了滾動絕招的傷害就失去了戰鬥能力。
阿龍看到比比鳥失去戰鬥能力就說道「比比鳥失去戰鬥能力，請挑戰者更換小精靈。」小智聽到裁判的話就叫站在自己肩膀上的小精靈站在對戰台上。裁判阿龍看見小智換上了皮卡丘就說道「現在皮卡丘與小拳石的比賽開始」
「皮卡丘使用電擊，」小智大聲說道。一道電擊攻向小拳石，電光閃過後小智看見小拳石一點傷害都沒有，小剛看到就發現是個好機會就對著小拳石指揮
「小拳石使用滾動，」小拳石的滾動一下就讓小智的皮卡丘失去了站斗能力。小智看到皮卡丘失去了站斗能力，就跑過去抱起來皮卡丘。
小剛走過去看了一眼皮卡丘對小智說「皮卡丘沒事，休息一下就好了」小智聽完小剛的話說道「謝謝你告訴我皮卡丘的情況。下次能讓挑戰道館嗎？小剛回答「可以。」小智聽完小剛的話就帶著小霞出道館了。
小智他們剛走出道館，小剛的腦海里就「叮」的響一聲「恭喜宿主跟這個世界的主角見面並贏了他，複合條件。開起積分系統，我是你的系統小精靈，」小剛聽完腦海的話就問道「誰在那說話？你又是誰，你在哪裡？」系統小精靈說道「，我是你的系統精靈，只要你在腦海里想進入系統。你就可以看到我了」
小剛按照系統小精靈的話來做，小剛就看到了一個光圈走了進去看道了一個像安卓系統的小精靈在眼前問道「你就是我的系統小精靈，怎麼長這樣了，有什麼功能嗎？」系統小精靈說「這是我剛起動的樣了，可以跟據宿主的愛好來變化的。功能你就自己看吧！」小剛面前有一個屏幕。屏幕上面寫著「探查」、「藥品」「精靈」「精靈蛋」
探查分為修改特性和探查小精靈的資質。藥品分別小精靈食物和治療小精靈的藥物，也有人類用的葯。精靈是小精靈，精靈蛋就是小精靈的蛋。
小剛查看了小精靈的價格貴的要死，一個小拉達都有1000積分，不用說那些神獸。發現是用積分交易的就問系統小精靈「這積分怎麼獲得，還有你就叫小靈吧！這樣更順口，」系統說道「感謝宿主賜名，我就叫小靈了，積分是做任務獲得的。」小剛看完功能后就退出了腦海。
過幾天，小智又來挑戰道館了，小智像動漫一樣皮卡丘打破了防火閥，漏水下來小智贏得了比賽。小剛給徽章給小智的時候，腦海里「叮」得一聲響。小剛看了一下：主線任務跟著主角小智一起旅行到關都聯盟，完成獎勵積分：50000。
小剛看任務就問小智「小智，小霞，我能跟著你們一起旅行嗎？」小智回答道「可以，更多人，更熱鬧。」小霞對小剛問道「小剛，你和我們一起旅行，你的道館怎麼辦。」小霞剛說完門口有人說「小剛，你出去旅行吧！道館交給我吧！」一個三十歲左右中年人說道。