漢學和蘭學
俗話說，寧肯給聰明人提鞋，也不與愚笨者交友。對於這句話，日本可謂理解深刻，無論是千百年來對中國優秀文化的汲取，還是明治維新以後的一切向西看，都是對這一俗語的最佳註解。因此，對於現代日本來說，與其看作東洋一枝花，不如將其視作中西文化的最佳結合體更為確切。對於這一結合，中國和荷蘭的先民看得最為透徹。
1603年，德川家康在江戶設立幕府。隨著幕府統治的鞏固，多年不見的和平氣象逐漸顯現，與這一氣象相適應的是文化的大發展。這一時期，先進的中華文明又出現了向日本傳播的高潮，形成了漢學興盛的景象。當時在日本，影響最大的漢學流派是朱子學和陽明學。
朱子學最初是被禪宗和尚當成自我修為的學問傳入日本的。朱子學的理論側重於倫理道德的「大義名分」，即人各有尊卑等序，世間一切以此為運行基礎，不可更改變動。君臣父子人人都要遵循這一原則。
其學說其實就是對日本當時涇渭分明的等級制度的肯定，宣揚統治階級權力至高無上，百姓要安心於自己所處的地位，不得反抗，以下犯上。這一思想非常符合剛剛建立起統治的德川幕府的政治需要，因此朱子學很快被統治階級接受並得到重視。
德川幕府初期，朱子學的代表人物為藤原惺窩與林羅山師徒二人。藤原惺窩原為禪僧，后還俗專心研究朱子學，並以朱子學理論批判自己曾經皈依的禪宗，試圖為朱子學在日本思想領域爭得一席之地。其所著的《假名性理》、《四書五經倭訓》，是最早用日文撰寫的宣揚朱子學的書籍。
然而藤原惺窩的努力並沒有結出豐碩的果實，他將所有希望寄托在了自己的得意門生，被稱為「五大天王」之首的林羅山身上。羅林山1582年出生於京都，本名信勝，號羅山。德川幕府建立后的第三年，藤原惺窩將羅林山推薦給德川家康，以23歲的年輕少年身份，成為德川幕府的重要政治和思想顧問。
林羅山沒有辜負師父的厚望，他廣招門徒，宣傳朱子學說。與此同時，他還積极參与幕府的政治活動，制定法令，用其學說幫助幕府建立起自己的意識形態體系，從而受到幕府的高度信任。在林羅山的努力下，第三代幕府將軍德川家光統治時期，幕府將朱子學定為官學，並將其推廣到民間，資助林羅山在各地開設專門講授朱子學的學堂。
隨著朱子學在日本取得獨尊的地位，各領國的領主也在自己的領地上建立起了教授朱子學的學堂，這些學堂被稱為「藩學」，主要招收領主子女及中高層武士。而一些下級武士，為了增加自己的文化修養，也自覺地投入到朱子學學習的行列當中。在這些武士當中，相繼產生了影響後世的大學問家。
在朱子學的影響下，日本的文化藝術和自然科學技術得到了進一步的發展，各種新興的藝術形式在這一時期大量出現，最具代表性的就是「浮世繪」。
「浮世」原是佛語，指人的生死輪迴和人世的虛無縹緲，即俗家所說的塵世。而「浮世繪」就是表現這一塵世中人們各種生活風情的繪畫。「浮世繪」是江戶時代最有特色的繪畫，是日本最具民族特色的繪畫形式，不僅對日本，對西洋繪畫都產生過深刻的影響。
日本陽明學起初的發展由於受到朱子學的壓制而沒能得到很好的發展，中江藤樹的弟子熊澤蕃三雖然竭盡全力將陽明學傳播到了上層社會，但也沒能改變陽明學被壓制的被動局面。直到德川幕府末期，由於「尊王攘夷」運動的興起，陽明學實踐務實的精神鼓舞了當時的倒幕派，由此，陽明學出現了復興的態勢，漸漸取代朱子學，成為當時日本的主流思想。
在日本廣興漢學的同時，由於幕府實行鎖國政策，除了中國，唯有荷蘭才被允許進行兩國貿易。在吸收中華文明的同時，荷蘭的自然科學和文化藝術也順理成章地成了日本學習的對象。1720年，幕府第八代將軍德川吉宗放寬了對外國書籍的限制，允許引入非宗教類的外國書籍，尤其是荷蘭書，並命人將這些書翻譯成日文。在這些書籍當中，介紹自然科學的書籍佔了絕大部分。裡面記載了歐洲的最新事物，如顯微鏡、熱氣球，及有關新近地理知識等等，日本人開始熱衷於西方的科學文化知識，稱之為「蘭學」。
「蘭學」的翻譯和傳播促進了日本近代自然科學的發展，以西方理論知識為研究方法成為時尚。1750年，幕府醫官野呂元丈寫成了12卷本的《荷蘭本草和解》；1754年，被後人稱為「日本試驗醫學先驅」的山脅東洋通過人體解剖，推翻了舊有的理論，並寫出了《臟志》一書。
在天文和地理學方面，由於「蘭學」的影響，日本學者也取得豐碩的研究成果。1774年，長崎的本木良永完成《天地二球用法》一書，詳細介紹了哥白尼的地動說；1812年，伊能忠敬用測量器費時20年測繪出《大日本沿海輿地全圖》，其水平與現代相差無幾。
除了在中上層人士中傳播外，「蘭學」對日本民間的影響也是巨大的。1789年，教授「蘭學」的學堂「芝蘭堂」在江戶創立。隨後，類似性質的民間私塾在全國各地遍地開花。
1838年，著名蘭學家緒方洪庵在大阪開設傳授蘭學的學堂，名為「適齋」，培養了眾多的人才，如福澤諭言、橋本佐內、大村益次郎、吉田松陰、高杉晉作、木戶孝允、伊藤博文等。這些人才在幕府末期成為倒幕維新的中堅力量，推動了日本近代化的進程。