178，南燕歸晉
409年——414年 劉裕北伐滅南燕，收複山東。盧循進攻建康兵敗亡身，晉軍廣州。晉軍西征收複益州。
在東晉內亂期間，與東晉接壤的北方胡國趁機蠶食東晉的領土。
後秦連下東晉南鄉（河南南陽浙川縣南）、順陽（河南南陽浙川縣東南）、新野（河南南陽新野縣）、舞陰（河南駐馬店泌陽縣西北）等十二郡。
劉裕滅掉桓玄後派人去後秦講和，要求後秦歸還十二郡。
後秦在西線麵臨南涼北涼的壓力，在東線麵臨北魏的壓力，不願再招惹東晉。劉裕以寡擊眾打敗了桓玄顯示出極強的戰鬥力。後秦皇帝姚興對劉裕多有敬畏。姚興同意與東晉化敵為友，歸還了新占領的十二郡。
劉裕隨後派兵西征，去收複被譙縱占領的巴蜀。
不幸的是，西征軍剛攻入巴蜀便發生兵變。西征軍的參軍楊承祖殺了主將司馬榮期，占據巴郡，自封巴郡刺史。第一次西征無疾而終。
劉裕隻得組織部隊再次西征。西征軍殺入巴郡殺死楊承祖。西征軍收複巴郡後繼續西征，打到距成都還有五百裏的地方遇到譙縱軍隊的頑強抵抗。譙縱軍憑借險要的地勢阻擊晉軍。晉軍大戰六十天不能攻克。軍中流行瘟疫，病死的人超過了一半。這仗沒法再打下去了，西征軍隻能撤回。第二次西征又失敗了。
兩戰不利，損兵折將，勞民傷財，劉裕臉上無光。他決定北伐南燕，將功抵過。
南燕趁東晉內亂已經打到淮北，威脅到東晉核心地區。不久前，南燕攻陷了東晉的宿豫（江蘇宿遷），劫掠數千人而去。
409年，劉裕親率大軍出殺奔山東。
南燕皇帝慕容德死了，他的侄子慕容超繼位。慕容超非常自信南燕軍鐵甲騎兵的實力。他得知劉裕出兵後，沒有派兵憑險據守而是任敵深入。他在臨朐（山東濰坊臨朐縣）城外選了一處平原，集結重兵靜候晉軍的到來。他相信這裏將是晉軍的墳場。五萬鮮卑鐵蹄將會把晉軍步兵碾為齏粉。
晉軍隆隆開近。步騎混合方陣的外圍是4000輛首尾銜接的戰車。
鮮卑鐵騎如潮水般衝殺過來。晉軍戰車如防波提一般將敵人擋在外麵。戰車上的弓箭手和長矛兵遠攻近守使敵人不得近身。偶爾有衝過戰車陣的敵兵也被陣內的步兵砍翻在地。
鮮卑人死傷慘重，攻勢漸漸疲軟下來。這時他們突然發現身後的城頭上遍插晉軍的旗幟。
原來，晉軍料定鮮卑注意力全在城外，城內守軍必然不多並且防備鬆懈，派了一支奇兵悄悄迂回到城後一舉攻入。
坐鎮臨朐指揮的慕容超從城中狼狽逃出，身後緊追不舍的是晉軍的士兵。
鮮卑人軍心大亂，無心再戰，如退潮一般潰敗下去。晉軍乘勝追擊，掃蕩殘敵。
慕容超逃回都城廣固（山東青州）。晉軍隨踵而至，將廣固團團圍住。
頻臨滅亡的南燕向後秦求援。後秦叫人給劉裕帶話，告訴劉裕馬上撤兵，否則將派十萬大軍攻打晉軍。
劉裕嗤之以鼻：我本想拿下南燕再打後秦，你要等不及了，盡管放馬過來受死！
劉裕部下擔心激怒後秦腹背受敵。劉裕說放心吧。他要真想打決不會讓我們知道。吠狗不咬，咬狗不吠。
果然，後秦正忙於跟叛將赫連勃勃纏鬥根本無暇顧及南燕，所謂對晉宣戰不過是虛張聲勢虛言恫嚇而已。
赫連勃勃是來自塞外的匈奴人，因為長相俊美被後秦的一個公爵收為女婿。他不願久居人下，殺了嶽父，奪了他的軍隊，反叛後秦。他自認為匈奴人是夏啟的後裔，宣布建立夏國，史稱胡夏。他不立都城，不要根據地，遊走於後秦北部地區，頻頻襲擊後秦的城鎮。姚興派兵討伐，被殺得大敗而回。從此後秦北方諸城白天都不敢開城門。
向後秦稱臣的南涼趁機反叛後秦。
之前被滅國的西秦收攏部眾宣布複國。
後秦後院起火根本無暇顧及南燕。不過姚興礙於情麵，派出一萬步騎兵，號稱十萬，進屯洛陽，揚言將增援南燕。隨後姚興親自率軍去打赫連勃勃，結果大敗而回。姚興急調洛陽軍隊回援長安。
南燕使者張綱從長安返回，半路上被晉軍俘獲。劉裕讓他坐在樓車上向廣固城內喊話，聲稱後秦被赫連勃勃打敗，自身難保，無兵來救南燕。南燕將士聞之變色，士氣大跌。出城投降東晉的絡繹不絕。
張綱心靈手巧，為晉軍設計了很多實用的攻城裝備。
次年，晉軍對廣固發動總攻，終於將廣固拿下。慕容超戰敗被俘。南燕從此滅亡。
滅了南燕，東晉的版圖恢複到山東、河南。
劉裕準備乘勝討伐後秦。這時國內傳來消息，廣州的盧循趁晉軍北伐後防空虛北犯建康。
盧循當年南逃，趁廣州兵力薄弱攻下了番禹，殺了百姓數萬人。朝廷忙於內亂無暇顧及偏遠的廣州，隻能設法詔安，任命盧循為廣州刺史。盧循接受招安也隻想獲得一個喘息的機會。
劉裕北伐期間，盧循建造了大量適合內河航行的艦船，計劃北上長江中上遊，然後順江而下進攻建康。
當年孫恩率軍從海上進長江逆流而上進攻建康，因為艦隊航行緩慢失去戰機。盧循汲取教訓，改從上遊發起突襲，讓劉裕來不及回援。
公元410年，盧循兵分兩路，沿湘江和贛江北上。西路軍打到長沙。東路軍一口氣打到豫章（江西南昌）。
朝廷震動，一度打算放棄建康保著皇帝北上投奔劉裕。
所幸劉裕這時已經結束了南燕之戰，正在休整部隊，準備西征。劉裕得知盧循南犯，立即回軍救援。他擔心都城有失，輕騎回京安穩人心。建康軍民見到劉裕，得知晉軍正在南返的路上，很快安定下來。
這時盧循已經攻破長沙打到長江。劉裕命令坐鎮姑孰（安徽馬鞍山當塗縣）水軍將軍劉毅固守待援，等待大軍南返。但是劉毅爭功心切，主動出兵迎戰盧循，結果受到盧循兩路軍夾擊一敗塗地。
盧循兩路水軍在桑落洲（江西九江北長江小島）會師，隨即順江直下建康。盧循的水軍“戰士十餘萬，舟車百裏不絕，樓船高十二丈”。戰船布滿百裏江麵，浩浩蕩蕩。
南返的晉軍還沒有到達。建康隻有幾千守軍。群臣驚恐不安，建議劉裕趕緊遷都躲避。
劉裕堅決不同意，認為臨陣脫逃是對軍民士氣的極大打擊，不用人家打自己就垮了，逃走也不過是多苟延殘喘幾日而已。
劉裕在建康緊急動員，征招百姓參軍守城。
盧循殺到建康，得知劉裕已經回到京城，遲遲不敢發動進攻。盧循是劉裕手下敗將，知道劉裕的厲害，畏之如虎。
劉裕利用這個機會加固工事，部署兵力。南返的部隊和各地援軍源源不斷趕到建康。
盧循終於決定發起進攻的時候早已失去戰機。
盧循幾次進攻建康都沒攻下來，士氣受挫。他想先拿下荊州有了立腳之地再圖建康，於是撤圍去打荊州，結果荊州也沒打下來。劉裕率軍與盧循決戰，利用拿手的火攻大敗盧循。盧循收攏殘兵逃回廣州。
盧循回到廣州才發現廣州已經被晉軍占領。原來，劉裕在盧循撤圍之後便派出一支軍從海路遠征番禺，趁盧循傾軍而出後防空虛一舉端掉了他的老窩。
盧循原本想趁劉裕北伐趁虛而入襲取建康，沒想到劉裕以其人之道還治其人之身，趁虛而入攻占了番禺。
盧循率軍全力攻打番禺。這時晉軍追兵趕到，跟廣州守軍裏應外合殺敗盧循。
盧循收集殘兵幾千人逃往越南。越南那時也是東晉領土。龍編（越南河內市）守軍再次把盧循擊潰。盧循徹底絕望，自殺身亡。
持續11年之久的五鬥米道之亂終於被平定。
劉裕休整軍隊，擴充水軍，也建造了大量十幾丈高的樓船。
公元413年，劉裕派兵去收複益州。
劉裕為此戰製定了詳細的作戰計劃。因為擔心內鬼泄露情報，他把作戰計劃裝進一個匣子裏交給西征軍的統帥朱齡石，告訴朱齡石進入蜀地之後再打開。
西征軍進入蜀地。朱齡石打開匣子拿出作戰計劃，看到劉裕讓他率領主力從外水（岷江）方向發起進攻直取成都，而以老弱部隊從內水（涪江）佯攻黃虎（四川省綿陽）。朱齡石立即依計行事。
譙縱中計，派重兵把守內水。晉軍從外水直插彭模（四川眉山彭山縣南），搶灘登陸殺奔成都。譙縱以為全線失守，棄城而逃。朱齡石兵不血刃就占領了成都。馳援成都的蜀軍遇到單身出逃的譙縱氣得要死，殺了譙縱四散而走。益州於是被晉軍收複。
至此東晉基本恢複了桓溫、謝安時代的地盤。國內結束內亂恢複了安定。